省農科院歷史沿革可以追溯到1912年。1912年，民國政府在昆明創辦了省農事試驗場，在蒙自草壩成立現代農業試驗所，并建設了我國第一口農村沼氣池。1938年云南成立稻麥改進所和茶葉改進所。1940年省農事試驗場并入稻麥改進所。1950年新中國成立后省政府組建了云南省農業試驗站。1958年西南農業科學研究所與云南省農業試驗站合并，成立云南省農業科學研究所。1976年，撤銷云南省農業科學研究所，成立云南省農業科學院。目前省農科院是省政府直屬的多學科、綜合性、公益性的農業科研機構，承擔著云南省全局性、關鍵性、戰略性重大農業科技問題的研究和創新任務，以及緊緊圍繞服務“三農”這一根本任務，全力抓好科技創新與成果轉化工作，為云南糧食安全、特色農業產業發展、農業生物資源開發、科技扶貧及生態安全作出了重要貢獻。
全院下設糧食作物、經濟作物、園藝、花卉、生物技術與種質資源、農業質量標準與檢測、農業資源環境、農業經濟與信息、藥用植物、農產品加工、國際農業、高山經濟植物、熱帶亞熱帶經濟作物、甘蔗、茶葉、蠶桑蜜蜂、熱區生態農業等17個專業研究所，其中昆明有11個研究所，其他6個研究所分布在楚雄、保山、紅河、版納、麗江等5個州（市）。全院學科發展涵蓋了種植業主要農業產業和相關農業科研領域?！笆晃濉逼陂g，根據農業部對全國1058個獨立運行的地市級以上農業科研機構科研綜合能力評估結果，我院有6個研究所進入全國100強。
“十三五”以來，我院獲省部級以上科技獎勵79項，其中獲二等獎及以上37項，較“十二五”多12項，1人榮獲2019年度云南省科學技術杰出貢獻獎；審（認）定、登記新品種324個，獲專利、新品種、軟件等授權588件。截至目前，在職職工1651人，專業技術人員1349人，其中正高級人員304人，副高級人員410人；博士、碩士766人?，F有國家新世紀百千萬人才3人，科技創新領軍人才1人，全國農業科研杰出人才3人；省“興滇人才”提名獎1人，省“科技領軍人才”2人，“云嶺學者”5人，“產業技術領軍人才”32人，“青年拔尖人才”16人，首席技師1人；省青年人才2人；省中青年學術技術帶頭人和技術創新人才（含后備人才）154人，省委聯系專家25人，省政府參事2人。入選國家農業農村部創新團隊3個，省創新團隊18個。引進高端人才14人；院士（專家）工作站18個；專家基層工作站68個。32名專家擔任國家現代農業產業技術體系崗位科學家和綜合試驗站站長，占云南國家崗位科學家數的75%；55名專家擔任省現代農業產業技術體系首席科學家和崗位專家，首席科學家占全省總數的70%。76個院創新團隊；23個產業技術服務團隊。院嵩明基地、勐?；乇辉u為國家現代農業科技示范展示基地并予以掛牌；云南國家高原野生稻種質資源圃等12個種質資源圃（庫）被確定為我省第一批省級種質資源圃（庫）。
“十四五”時期是全面建成小康社會、實現第一個百年奮斗目標之后，乘勢而上開啟全面建設社會主義現代化國家新征程、向第二個百年奮斗目標進軍的第一個五年。省農科院將胸懷中華民族偉大復興戰略全局和世界百年未有之大變局，把穩住農業基本盤、守好“三農”基礎作為應變局、開新局的“壓艙石”。堅持以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，全面貫徹落實黨的十九大和十九屆二中、三中、四中、五中全會精神，深入貫徹落實習近平總書記考察云南重要講話精神及關于農業科技創新工作“四個面向”的重要定位，立足新發展階段，貫徹新發展理念，構建新發展格局，推動高質量發展，認真落實新發展階段鄉村振興、糧食安全、萬億級“高原特色現代農業產業”和世界一流“綠色食品牌”打造，以及“一帶一路”“雙循環”、生態文明排頭兵建設等創新需求，堅持高質量發展主題，以改革創新為根本動力，以不斷提高農業科技創新能力和成果轉化應用能力為著力點，以為全省農業農村現代化建設提供科技支撐為根本任務，持續推進“五大工程”，爭取一批重大科技項目，轉化一批重大科技成果，建成一批重大科技平臺，培養一批優勢特色學科團隊和領軍人才，全面提升科技創新能力、科技服務能力、自我發展能力，充分調動廣大職工的積極性、主動性、創造性，發揮研究所的專業優勢和全院的綜合優勢，為新時代農業高質高效、鄉村宜居宜業、農民富裕富足，尤其是支撐和引領全省萬億級“高原特色現代農業支柱產業”、世界一流“綠色食品牌”打造和國家西南生態安全屏障建設，切實擔起新時代賦予農業科技的歷史使命，充分發揮農業農村科技主力軍和排頭兵作用。
